در اين علم، متخصصين اهداف متعددي دارند از قبيل بهبود کميت و کيفيت محصولات، کاهش مصرف سموم و کودهاي شيميايي، توليد محصولات سالم و طبيعي و افزايش مقاومت محصولات در مقابل آشفتگي‌ها و تنش‌هاي محيطي. اين اهداف، اهداف مياني محسوب مي‌شوند که خود تابع اهداف بالاتري (اهداف نهايي) هستند. معمولاً اهداف مياني در نگاه الهي و غيرالهي يکسان است. اما آن چه در نگاه الهي و غيرالهي متفاوت است اهداف نهايي مي‌باشند. هدف نهايي در نگاه دانشمند رشته ي مهندسي کشاورزي که خداباور نيست يا خداباور است اما نسبت به اهداف الهي بي‌توجه مي‌باشد، مي‌تواند شامل موارد زير باشد:

الف:  خدمت به بشر صرفاً در ازاي دريافت هزينه يا براي ارضاي حس نوع دوستي، کسب ثروت و شهرت، آسايش، توسعه، برتري علمي به هر قيمتي يا با در نظر گرفتن اصول اخلاقي، [1] رسيدن به اطلاعات جديدتر براي دستيابي به فناوري‌هاي نوين (ارزش ابزاري علم) و حتي آسيب رساندن به دشمن با هر روشي. همه ي اين امور بدون در نظر گرفتن رضايت خدا و سعادت اخروي است.

ب: در حالي که اهداف دانشمند خداباوري که مقيد به اهداف الهي است مي‌تواند شامل موارد زير گردد:

شناخت عظمت و نظم عالمانه و حکيمانه ي خداوند، رساندن مخلوقات (گياهان) به کمال نهايي آن‌ها، ، تأمين غذا و مواد اوليه ي پوشاک آفريدگان و آرامش آن‌ها، خدمت به بشر (رفع نيازهاي مردم)، انجام واجب کفايي، کسب علم و آگاهي بيشتر و در صورت امکان دستيابي به فناوري‌هاي نوين (ارزش ذاتي علم)، برتري علمي. همه ي اين امور با در نظر گرفتن رضايت خدا و سعادت اخروي است.

لازم به ذکر است تفکر غيرالهي، تفکري مادي و محدود به امور دنيوي است و دو ويژگي دارد:

ممکن است موجب تأمين نيازهاي دنيوي گردد و حتي براي زندگي دنيوي، اهداف خوبي تلقي شود.

نسبت به مسائل معنوي و اخروي بي‌تفاوت و غيرمفيد است[2]يا به عبارتي تک بعدي بوده و جامع نيست.

بنابراين هدف شخصي که تفکر غيرالهي دارد معمولاً کسب درآمد يا شهرت و در بهترين حالت خدمت به هم نوع و يا هر دو است. امّا رضايت خداوند و پاداش اخروي مدنظر او نيست؛ چون خدا و آخرت را قبول ندارد يا اگر قبول دارد در قصد و هدف خود دخالت نمي‌دهد. در صورت اول که هدفش کسب درآمد و شهرت است، هدف او مادّي و در صورت دوّم که هدفش خدمت به هم نوع است، هدف او انساني است اما الهي نيست. توجه داشته باشيم ممکن است «انسانيت، منهاي رضاي خدا و منهاي توجه به آخرت»، در حرف يا عمل مورد قبول افراد خداناباور قرار گيرد اما با نگاه توحيدي سازگار نيست. اگر کسي خداباور است چرا بايد انسانيت را منهاي خدا و آخرت مدنظر قرار دهد؟ بدون شک چنين کسي انسانيت و اخلاق را هديه ي الهي و در راستاي رضاي خدا مي‌داند.

کسي که تفکر غيرالهي دارد ميل به دانستن دارد و ممکن است هدفش از فراگرفتن علم، افزايش اطلاعات و کسب معلومات باشد اما چنين شخصي حيات انسان و موجودات را به عنوان آيت الهي و نشانه ي علم و حکمت خداوند مطالعه نمي‌کند. از اين‌رو صدها و هزاران شگفتي و پيچيدگي که حاکي از نظم هدفمند و قدرت بي‌نهايت آفريدگار بدن موجودات زنده است، مي‌بيند اما از مخلوق پي به خالق نمي‌برد. حتي ممکن است منکر خدا نباشد اما هدفش از علم شناخت خدا و کسب معرفت و فروتني در مقابل او نيست.

[1].  منظور از اخلاق در اينجا اخلاق سکولار است يعني اخلاق منهاي دين يا خدا.

[2]. حتي ممکن است اين اهداف براي بعد معنوي و اخروي مضر هم باشد.